进出境运输工具是指作以载运人员、货物、物品进出境的各种船舶、车辆、航空器和驮畜。
　　（一）国际航行船舶
　　1、进出境国际航行船舶是指进出我国关境在国际间运营的境内船舶和境外船舶。
　　2、船舶应当通过设有海关的港口进境或出境，应当在设有海关的港口停泊、装卸货物、物品和上下人员，接受海关监管。
　　3、船舶的负责人或者其代理人应当将船舶到港和离港的时间提前二十四小时通知海关，将船舶装卸货物、物品的时间事先通知海关。
　　4、船舶进境的时候，船舶负责人应当向海关如实申报，并递交下列单证：
　　（1）《船舶进口报告书》一份
　　（2）《进口载货清单》二份（无进口货物的交“无货清单”）
　　（3）《进境旅客清单》一份（包括通运旅客，无旅客的免交）
　　（4）《船员清单》一份
　　（5）《船员自用和船舶备用物品、货币、金银清单》一份
　　（6）《船员自用和船舶备用烟、酒加封清单》一份
　　（7）《船舶进出境（港）海关监管簿》（境外船舶免交）
　　（8）海关监管需要的其他单证
　　5、船舶出境时，应当向海关如实申报。船舶负责人或其他代理人应当向海关递交下列单证：
　　（1）《出口载货清单》一份（无出口货物的交“无货清单”）
　　（2）《出境旅客名单》一份（无变动的免交）
　　（3）《船员名单》一份（无变动的免交）
　　（4）《船舶进出境（港）海关监管簿》（境外船舶免交）
　　6、海关检查船舶时，船舶负责人应当到场，并应当按照海关的要求指派人员开启船上的舱室、房间、储存的处所。
　　（二）来往港、澳小型船舶的通关
　　1、来往香港、澳门小型船舶是指经交通部或者其授权部门批准，专门来往于内地和香港、澳门之间，在境内注册从事货物运输的机动或非机动船舶。
　　2、小型船舶中的拖带船舶和被拖带船舶应按交通部或其授权部门批准的配对编号进行运输。
　　3、小型船舶应按规定向指定的海关监管站（大铲岛、湾仔、桂山岛、大三门岛）办理海关关封和舱单确认手续；经海关监管站在《海关监管簿》上签批后，方可继续驶往境内目的港，同时应当将海关制作的关封完整无损地带交目的港海关。
　　4、小型船舶从香港、澳门驶入内地境内口岸或者从内地境内口岸驶向香港、澳门时，小型船舶负责人应持《海关监管簿》向指运地或启运地口岸的海关递交下列单证进行申报：
　　（1）《船舶报告书》
　　（2）《船舶载货清单》（无货的免交）
　　（3）《旅客清单》（无旅客的免交）
　　（4）《船员清单》（船舶报告书内列有船员名单的可免交）
　　（5）《船舶航行签证簿》（由海关签证后发还）
　　（6）海关监管需要的其他单证
　　（三）进出境汽车和来往港澳汽车的通关
　　1、来往香港、澳门汽车包括专营客运、货运车辆，境内外企业、厂商自有的运输车辆和个人自用、不承运客、货的其他车辆；
　　2、来往香港、澳门车辆必须向海关申请登记，办理登记手续时，需交验下列证件：
　　（1）政府主管部门准其进出境的批准文件及行驶证件；
　　（2）工商行政管理部门签发的经营客、货运输车辆所属企业的营业执照；
　　（3）经海关认可的境内单位出具的保证函（或交纳保证金）； 经海关审核符合规定的车辆，发给《来往香港、澳门汽车进出境签证簿》；
　　3、汽车进出国境必须经设有海关的地方通过，并且在海关规定的地点停留，向海关申报，接受海关检查。装载进出口货物的汽车，向海关申报进出国境的时候，应当由汽车驾驶人员向海关交验载货清单（或者运单）一份。
　　4、海关检查汽车的时候，汽车驾驶人员和押运人员应当在场，并且按照海关的要求开拆车上必要的部件或者搬移货物。
　　5、进出国境的汽车，经海关放行后，才可以往境内驶或者出境。